Incluso aunque uso una distro con GNU/linux, aún así me daba paranoía descargar desde mi usuario directo, por lo tanto lo que hice fue, instalar en una máquina virtual con virtual box, windows 7. Desde esta máquina descargo todo el software, peliculas, probar los programar, subirlos a la red, utilizo los proxys necesarios, probar antivirus, etc.
Una vez instalada esa máquina virtual, instalar todo el software necesario, jdowloader, megasyn, office, winrar, etc. Lo más divertido de esto, es que no tienes que instalar un antivirus, ni siquiera preocuparte por si se infecta o no. Si se llegara a infectar, solo la eliminas y ya.
Todos los archivos que se descarguen, se pueden guardar en una carpeta compartida entre la máquina anfitrión (máquina real) y la máquina virtual, o pasarlos a una memoria usb y luego copiarlos a la máquina anfitrión.
Para este tipo de virtualizaciones existen muchas opciones: la que más utilizo es virtual box, sobre todo porque es compatible con linux, windows y mac, está uno nativo de fedora que es box (cajas), pero tiene ciertas deficiencias, y luego está vmware, sin embargo es de paga.
Así que por ahora, me enfocaré en VirtualBox:
www.vmware.com/products/workstation
https://wiki.gnome.org/Apps/Boxes